При грибковых поражениях собаки, как правило, не чешутся. Чешутся только если осложнено пиодермией бакпроисхождения. Грибы убираете 3-кратным мытьем "Низоралом" с интервалом 5-7 дней.
Самое первое, что приходит на ум - аллергия. Вот тогда и чешутся и по ночам и днем и всегда). Аллергия бывает пищевая (кстати, вопреки расхожему мнению российских врачей, довольно редко), внешнее воздействие (пыль, ремонт в доме и т.п.) и аллергия на укусы блох. Вот отсюда я бы и начинал плясать. Ну а чтобы дать вам пищу для размышлений, ткните в ссылочки:
http://www.vetclub.ru/content/view/118/67/
http://www.vetclub.ru/content/view/47/67/
http://www.vetclub.ru/content/view/116/67/
http://www.vetclub.ru/content/view/104/67/